有鑑於此，中央研究院曾志朗院士與國立中央大學認知神經科學研究所所長洪蘭教授積極投入推動認知神經科學的發展與整合，希望能建立起國內學者的合作橋樑，以凝聚國內研究經驗與進展，並將研究成果廣泛運用在教育、犯罪防治、運動、臨床諮商等相關領域，期能讓台灣認知神經科學研究與世界接軌。
在2012年，以洪蘭教授作為發起人代表，籌畫成立臺灣認知神經科學學會。學會草創之初，先後邀請了許多國內知名學者共襄盛舉，獲得包含中研院語言所在內等十數個國內學術機構的支持，也有多位學研單位首長如黃榮村校長、張國恩校長，和國科會傑出獎得主加入這個學術整合及推廣的平台。
本學會之成立大會於2013年1月12日在中央研究院學術活動中心二樓平面演講廳舉行，邀請目前任教於香港中文大學的中央研究院王士元院士進行特別演講〈Language and Cognitive
Neuroscience〉，來自國內各知名學術機構的研究學者們齊聚一堂，為臺灣認知神經科學學會的成立拉開序幕。臺灣認知神經科學學會在眾多學者前後歷經半年的努力之下順利萌芽，以促進認知神經科學之研究與推廣為首要任務與宗旨；在感念各位先進於學會成立過程中的大力支持之餘，亦希望未來能藉由學會促進國內認知神經科學領域的交流與整合，進而與國際學術界更緊密接軌，同時期許可將學會的各項成果回饋給國家社會，增益社會的安定與未來發展。
【重要紀事】
～2012/09/12：全台55位認知神經科學相關領域之研究者表達意願成為學會成立發起人2012/9/12：接獲內政部准許籌辦成立學會之公文通知2012/10/6：假中央研究院語言學研究所舉行發起人會議與第一次籌備會議（由籌備委員推選洪蘭教授擔任籌備會主席），著手草擬學會章程草案初稿2012/10/15～10/29：為會員招收時間，共計有100人申請入會2012/11/1：假國立中央大學科學五館602室舉行第二次籌備會議，修訂章程草案與審查會員入會資料（連同55位發起人在內，學會全體會員總數達155人）2013/1/12：假中央研究院學術活動中心二樓平面演講廳舉行成立大會。與會會員共同推選出第一屆理監事委員（含11名理事與3名監事），並一致通過學會章程、年度工作計畫以及收支預算表2013/1/12：於成立大會後召開第一屆第一次理監事會議，推選洪蘭教授擔任學會第一任理事長，並由阮啟弘教授與吳嫻副教授擔任常務理事，由葉怡玉教授擔任監事會主席；學會聯絡地址設置於國立中央大學認知神經科學研究所（桃園縣中壢市中大路300號，03-4227151 ext.65201）。2013/2/7：正式向內政部遞出立案申請2013/3/7：接獲內政部來文正式核准通過（核准立案文號：台內社字第1020111918號）